科学的研究に関するサーベイが示すところによれば、フロイトのいう 口唇期、肛門期、エディプス期、 男根期がパーソナリティの傾向として観測されるものの、 これらが子供の発達段階として現れる事も観察できないし、子供時代の経験が成人してからの傾向に影響する事も観察できない。(Fisher & Greenberg, 1977, p399).
精神分析学に対する初期の、だが重要な批判として、精神分析学が定量化や実験にほとんど基づいておらず、理論の大半が病院でのケーススタディに基づいている、というものがある。 それに対し、行動療法や認知療法といった他の心理療法は実験的妥当性をもっと考慮している(1999)。 なかには、フロイトの治療業績のいくつかは、---Anna Oの有名な奇跡すら---、捏造であると告発する者もいる(Borch-Jacobsen 1996)。
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精神分析学の概念を定量的かつ学術的に分析している心理学者や精神科医の中には、 この種の批判をするものが増えている。
しかし、こうした発達段階に対する批判が、近代精神分析学に対する決定的な批判だと思ってはならない。 近代精神分析学の理論と実践にとっての決定的な批判になり得るのは、無意識や感情転移に対するものである。 「無意識」の概念に対する疑念として、人間の行動なら観察できるが、人間の心理は推測しかできない、というものがある。